Era para ser vilões principais, mas aqui eu falarei se o vilão é principal ou não. Em Ben 10 Supremacia Alienígena, aparece vários vilões, entre eles podemos destacar os seguintes:


Aggregor é o vilão principal da primeira temporada de Ben 10 Supremacia Alienígena. Ele é um Osmosiano e tinha como objetivo capturar os 5 prisioneiros da galáxia de Andrômeda, absorver seus poderes para depois ter os poderes necessários para ir atrás do mapa do infinito e chegar no centro da criação, aonde ele queria absorver os poderes de um Alien X bebê e se tornar o ser mais poderoso do Universo.

   
Antes ele era conhecido como Capitão Inimigo e era um herói da série de televisão. Ben era fã dele, mas quando Gennifer Nocture beija Ben na boca por ter salvado sua vida, Capitão Inimigo fica muito bravo e propõe uma competiçãona qual o vencedor seria conhecido como verdadeiro herói. Mas quando Capitão Inimigo perde, ele muda seu nome para Overload e se torna inimigo de Ben. Mas ele é preso depois de perder uma luta contra Ben.


   
Ele é o ancora do jornal de televisão "Nação Harangue". Ele não gosta do Ben e vivia falando mal de Ben na tv. Até que um dia ele gastou todo o seu dinheiro para construir um robô para derrotar Ben. Mas Ben o vence e ele ainda continua a não gostar de Ben.

Cirurgião

Martelo

Serra

Eles apareceram no episódio "muito quente para aturar" e estavam tentando ganhar 1 milhão de Dollares tentando abrir a armadura de P'andor.



Kolar é um Tetramando que aparece no episódio "Treinamento Básico" aonde ele tenta destruir o gran mestre Hulca. Mas ele é derrotado pelo Ben.



Ele é um Alienígena que pode se camuflar como um camaleão. Ele tinha escapado da área 51 e estava querendo pegar o coronel Rozum. Mas Ben o derrota usando uma nova transformação: O Besta Supremo.




Parece um Velhinho, mas na verdade ele é o primeiro cavalheiro dos Cavaleiros Eternos. Ele possui muita força e agilidade pela idade dele e ele declarou, no último episódio que ele apareceu, guerra dos humanos contra os aliens.




Apareceu no episódio "A grande história" e essa planta estavam criando clones de Ben que estavam destruindo tudo. Jimmy falava a turma de Ben, só que eles não acreditavam. Então quando eles viram que Jimmy estava falando a verdade, Ben derrota a planta alienígena e seus clones.


Sunny é a prima de Ben, Gwen e Ken e ela não possuí muito alto-controle e não era tão obediente assim, então ela causou uma tremenda confusão na terra. Ela apareceu no episódio "Garota Problema".