Originalmente o Omnitrix foi inventado por um Galvan chamado Azmuth, que é um dos seres mais inteligentes existentes. Ben Tennyson recebeu pela primeira vez o Omnitrix quando ele tinha 10 anos e, no começo, ele só podia acessar 10 formas alienígenas.

Com o tempo, Ben era capaz de acessar mais e mais alienígenas e, eventualmente, deu a Ben o SuperOmnitrix. Este novo dispositivo não apenas deixa Ben se transformar em aliens, mas também deixa-o evoluir seus alienígenas para suas formas "supremas".

Em Ben 10: Omniverse, Ben empunha uma versão mais recente do Omnitrix, Azmuth revela que o Omnitrix original ainda era apenas um protótipo. Usando este novo Omnitrix, Ben se transformou em dezenas de alienígenas, novos e velhos, e ele está sempre descobrindo novas formas. Continue assistindo Ben 10: Omniverse para ver mais alienígenas interessantes. 

Na mesma época, o gênio do mal Dr. Psychobos inventou um knock-off do Omnitrix chamado Nemetrix. Ele permite que o cão de Khyber se transformar nos predadores naturais dos aliens do Omnitrix de Ben, dando a Khyber a vantagem na maioria das situações.